研究室の助手をしていた頃、当時盛んだった全共闘運動の被害を受けた。研究室がゲバ棒を持ち覆面を被った学生達に押し入られ、「こんな一大事に研究なんかしている場合か」と非難されながら研究室を追い出された経験をして以来、「学問とは何か」「研究とは何か」「大学とは何か」といった問いに対して考え続けており、「私のなかで紛争は終わってない」と述べている。そのような過去の経緯もあって、かつて東大の全共闘議長であった山本義隆の『重力と磁力の発見』が大佛次郎賞を受賞した際に養老は、同賞の選考委員でありながら、著作への授賞に異存はないとしつつも、自らが全共闘運動から受けた影響（全共闘運動により研究室から暴力的に追い出されたなどを理由に「（個人的な）背景を含めた選評は拒否するしかない 」という強い調子の文章を発表して話題となった。
- 私的画像日記 2003-12-15
- 滴水録 2003-12-18
- 蕩尽伝説
- 山本義隆のアクチュアリティ
- 日月抄
- 1968年の喧騒と熱狂の政治動乱を扱ってスローガン、落書き等を素材にテープに歌ったルイジ・ノーノ（1924-90）の『NON CONSUMIAMO MARX』（1968）ほか。
